La Misión con la que actualmente operamos promueve la conservación y uso sostenible de los recursos genéticos, la soberanía y seguridad alimentaria y la competitividad de rubros agropecuarios, en beneficio de los productores, el sector agropecuario y la sociedad en su conjunto, a través de la investigación y la innovación tecnológica.

Para el cumplimiento de nuestra misión, se viene generando, recuperando, transfiriendo y difundiendo conocimientos y productos de cultivos Andinos, partiendo de la conservación de estos, el uso y la promoción a mercados. Se ha generado tecnologías y metodologías que permiten importantes avances en el manejo de estos cultivos, traducidos en mejores rendimientos, mejor calidad del producto, lo que permite a los productores vincularse al mercado e incrementar sus ingresos.

El enfoque de trabajo por rubro se adecua muy bien para condiciones del Altiplano Sur donde la quinua es el principal rubro de sustento y de generación de ingresos. Sin embargo, la complejidad de los sistemas productivos agrícolas en los Andes en general y en particular de los Altiplanos Norte y Centro, afecta directamente a los productores en su seguridad alimentaria y en los escasos ingresos económicos que se generan incidiendo en la pobreza generalizada de los agricultores andinos.